农村合作医疗可以跨省报销的。只要参保人到跨省定点医疗机构住院，出院时可在医院结算窗口直接结算，患者只需支付自付费用，新农合补偿费用由跨省定点医疗机构先行垫付。
要在入院后5日内，将住院通知传真到当地备案，因为不是在定点医院治疗，报销比例是很低的，大概在15%——30%之间。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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